Estudio directo: son los más sencillos de preparar, la muestra se suspende en agua o suero salino (preparación en fresco), mezclada con un álcali para disolver el material de fondo o mezclada con una combinación de un álcali y un colorante para generar contraste. Por ejemplo azul de algodón lactofenol yodo.
Tinciones diferenciales: se utilizan diversas tinciones diferenciales para teñir microorganismos específicos o componentes del material celular. La tinción de Gram es la tinción mejor conocida y utilizada que forma la base de la clasificación fenotípica de las bacterias
Tinciones acidorresistentes: se utilizan al menos tres tinciones acidorresistentes diferenciales, cada una de las cuales aprovecha el hecho de que algunos microorganismos conservan una tinción principal incluso después de exponerlos a agentes decolorantes potentes, como mezcla de ácidos y alcoholes.
Tinciones fluorescentes: es un método rápido tanto para la detección como para la identificación del microorganismo. También se han utilizado otros muchos colorantes fluorescentes para teñir muestras.
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